1. Tài nguyên đất
Tổng diện tích tự nhiên huyện Mèo Vạc là 56.309,42 ha, trong đó: Sử dụng vào mục đích nông nghiệp là 48.522,62 ha, chiếm 86,17%; sử dụng vào mục đích phi nông nghiệp là 2.153,10 ha, chiếm 3,82%; đất chưa sử dụng còn 5.633,70 ha chiếm 10% diện tích tự nhiên.
Huyện có 17 loại đất chính, trong đó Đất xám feralit điển hình chiếm 12,28%; Đất xám feralit đá sâu chiếm 14,11%,…
Nhìn chung, Tài nguyên đất của huyện rất đa dạng tạo nên một hệ thống thực vật khá phong phú, hàm lượng chất dinh dưỡng trong đất tương đối khá nhưng thường ở dạng cây trồng không hấp thụ được và địa hình chủ yếu là đất dốc.
Huyện có 17 loại đất chính, trong đó Đất xám feralit điển hình chiếm 12,28%; Đất xám feralit đá sâu chiếm 14,11%,…
Nhìn chung, Tài nguyên đất của huyện rất đa dạng tạo nên một hệ thống thực vật khá phong phú, hàm lượng chất dinh dưỡng trong đất tương đối khá nhưng thường ở dạng cây trồng không hấp thụ được và địa hình chủ yếu là đất dốc.
2. Tài nguyên nước
* Nước mặt:
Do địa hình phân cắt mạnh nên huyện Mèo Vạc có rất nhiều khe suối. Các khe suối này hầu như có nước quanh năm nhưng do địa hình phức tạp, độ dốc lớn, lòng suối thấp nên khả năng phục vụ cho thâm canh cây trồng và sinh hoạt còn gặp nhiều khó khăn.
Mèo Vạc có hệ thống 2 sông nhỏ là sông Nho Quế và sông Nhiệm nằm ở phía Nam huyện, chảy theo hướng Tây Nam, lưu vực nhỏ, độc dốc lớn, nhiều thác gềnh, hiệu ích phục vụ sản nông nghiệp và sinh hoạt thấp. Trên địa bàn huyện, nguồn nước cung cấp cho sinh hoạt và sản xuất chủ yếu lấy từ các mạch nước trong khe núi chảy từ rừng đầu nguồn Chí Sán, có độ cao 1.900m. Tuy vậy, nguồn nước này có độc dốc lớn nên về mùa khô thường gây ra thiếu nước cho sinh hoạt và sản xuất của nhân dân khoảng 2 - 3 tháng. Trong huyện còn nhiều suối, khe, rạch nhỏ nằm rải rác trên địa bàn huyện nhưng cũng có độ dốc lớn nên tình trạng thiếu nước vào mùa khô vẫn thường xuyên xảy ra. Nhìn chung, lưu lượng nước của 2 con sông và hệ thống suối phân bổ không đều, chỉ phục vụ một số ít vùng thuộc hạ lưu, còn lại là chưa đáp ứng các nhu cầu phục vụ cho nhân dân.
* Nước ngầm: Do địa hình đồi núi, chủ yếu là núi đá vôi, có độ dốc lớn, lượng mưa ở mức trung bình nên nước ngầm rất khan hiếm và việc đầu tư khai thác thường kém hiệu quả.
Do địa hình phân cắt mạnh nên huyện Mèo Vạc có rất nhiều khe suối. Các khe suối này hầu như có nước quanh năm nhưng do địa hình phức tạp, độ dốc lớn, lòng suối thấp nên khả năng phục vụ cho thâm canh cây trồng và sinh hoạt còn gặp nhiều khó khăn.
Mèo Vạc có hệ thống 2 sông nhỏ là sông Nho Quế và sông Nhiệm nằm ở phía Nam huyện, chảy theo hướng Tây Nam, lưu vực nhỏ, độc dốc lớn, nhiều thác gềnh, hiệu ích phục vụ sản nông nghiệp và sinh hoạt thấp. Trên địa bàn huyện, nguồn nước cung cấp cho sinh hoạt và sản xuất chủ yếu lấy từ các mạch nước trong khe núi chảy từ rừng đầu nguồn Chí Sán, có độ cao 1.900m. Tuy vậy, nguồn nước này có độc dốc lớn nên về mùa khô thường gây ra thiếu nước cho sinh hoạt và sản xuất của nhân dân khoảng 2 - 3 tháng. Trong huyện còn nhiều suối, khe, rạch nhỏ nằm rải rác trên địa bàn huyện nhưng cũng có độ dốc lớn nên tình trạng thiếu nước vào mùa khô vẫn thường xuyên xảy ra. Nhìn chung, lưu lượng nước của 2 con sông và hệ thống suối phân bổ không đều, chỉ phục vụ một số ít vùng thuộc hạ lưu, còn lại là chưa đáp ứng các nhu cầu phục vụ cho nhân dân.
* Nước ngầm: Do địa hình đồi núi, chủ yếu là núi đá vôi, có độ dốc lớn, lượng mưa ở mức trung bình nên nước ngầm rất khan hiếm và việc đầu tư khai thác thường kém hiệu quả.
3. Tài nguyên rừng
Tổng diện tích đất lâm nghiệp có 29.891,81 ha, chiếm 53,08% so với tổng diện tích tự nhiên toàn huyện, trong đó đất rừng sản xuất 1.494,09 ha chiếm 2,65% tổng diện tích đất lâm nghiệp, đất rừng phòng hộ 28.397,72 ha, chiếm 50,43 % tổng diện tích đất lâm nghiệp.
Diện tích rừng trong những năm qua có xu hướng tăng lên nhưng không tăng mạnh bởi điều kiện địa hình phức tạp và thiên nhiên khắc nghiệt nên gây nhiều khó khăn cho công tác trồng, chăm sóc và bảo vệ rừng. Những năm gần đây được sự hỗ trợ của Nhà nước nên diện tích rừng của Mèo Vạc đã tăng đáng kể.
Diện tích rừng trong những năm qua có xu hướng tăng lên nhưng không tăng mạnh bởi điều kiện địa hình phức tạp và thiên nhiên khắc nghiệt nên gây nhiều khó khăn cho công tác trồng, chăm sóc và bảo vệ rừng. Những năm gần đây được sự hỗ trợ của Nhà nước nên diện tích rừng của Mèo Vạc đã tăng đáng kể.
4. Tài nguyên khoáng sản
Là một huyện vùng núi cao được hình thành trong thời gian dài do quá trình kiến tạo địa chất nên Tài nguyên khoáng sản của huyện khá đa dạng như: Antimon, bôxit kẽm và bôxit nhôm. Hiện nay, trong huyện đã có một số dự án khai thác quặng Antimon nằm tập trung chủ yếu tại xã Xín Cái, Khâu Vai và Sơn Vĩ. Những điểm mỏ này chưa được khảo sát cụ thể để đánh giá trữ lượng. Bên cạnh đó, huyện còn có nhiều sa khoáng nằm rải rác ở một số xã trên địa bàn huyện và một số tài nguyên khác như đá, cát, sỏi... Đây là một tiềm năng để huyện phát triển ngành công nghiệp khai khoáng, tạo điều kiện tăng thu nhập của huyện, tạo đà cho các ngành kinh tế khác phát triển.
